Odpovědným orgánem – takříkajíc hlavou Česko-německého fondu budoucnosti – je správní rada (SR). Zastupuje Fond budoucnosti navenek i vůči vládám obou zemí. Její čtyři čeští a čtyři němečtí členové jsou na dobu dvou let jmenováni ministrem zahraničí příslušné země a jejich funkce je čestná. Jakožto nezávislé grémium rozhoduje SR ve vlastní zodpovědnosti. Každé čtvrtletí projednává na svém zasedání všechny žádosti o podporu projektů a rozhoduje o poskytování finančních  prostředků.
 

Správní rada 2022 / 2023
 

Petr Brod
publicista, pracoval mimo jiné pro rozhlasovou stanici Svobodná Evropa a pro Süddeutsche Zeitung

Reiner Deutschmann
bývalý člen Spolkového sněmu (FDP-Sasko) a kulturně-politický mluvčí frakce FDP ve Spolkovém sněmu

Jindřich Fryč
náměstek ministra vnitra pro státní službu, Ministerstvo vnitra ČR

Rita Hagl-Kehl
členka Spolkového sněmu (SPD), parlamentní státní tajemnice při spolkovém ministru pro
spravedlnost a ochranu spotřebitele

Martin Kastler
osobní tajemník bavorské státní ministryně pro evropské záležitosti a zahraniční vztahy, bývalý poslanec Evropského parlamentu (CSU)

Kristina Larischová
generální konzulka ČR v Düsseldorfu

Ondřej Matějka
náměstek ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů

Eva van de Rakt
Vedoucí referátu Evropské unie a Severní Ameriky, 
Heinrich-Böll-Stiftung, Berlin 

Správní rada - archiv