Partnerem sekretariátu
Česko-německého
fondu budoucnosti 
je ŠKODA AUTO a.s.

Je srdcem Česko-německého fondu budoucnosti – sem přicházejí všechny žádosti o podporu projektů. Pracovníci sekretariátu přispívají v případě potřeby žadatelům radou a pomocí a odpovídají na případné dotazy. Pod vedením jednoho českého a jednoho německého ředitele zde pracuje angažovaný tým referentů a referentek z obou zemí. Zkoumají, zda si předkládané  žádosti zaslouží podporu, dohlížejí na průběh projektů a na závěr kontrolují vyúčtování poskytnutých prostředků. Sekretariát připravuje také čtvrtletní zasedání správní rady, na kterém se rozhoduje o schválení žádostí o podporu projektů.

Oba ředitelé jsou na návrh příslušného ministra zahraničí jmenováni správní radou na dobu čtyř let.

Pracovníci sekretariátu