Beide Staaten haben schon in der Satzung des Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds das so genannte Sozialprojekt verankert. Ab 1998 wurden über zehn Jahre hinweg insgesamt 45 Millionen Euro aus dem Stiftungsvermögen an die Opfer nationalsozialistischer Gewalt ausbezahlt. Diese Zahlungen sind abgeschlossen.

Von 2000 bis 2006 war der ZF auch Partnerorganisation der Bundesstiftung „Erinnerung, Verantwortung und Zukunft“. In dieser Funktion bearbeitete der ZF Entschädigungsanträge ehemaliger Zwangsarbeiter und anderer Opfer nationalsozialistischen Unrechts und kümmerte sich auch um die Auszahlung der Gelder. Es handelte sich um Einmalzahlungen. Für diese Tätigkeit hatte der ZF eine gesonderte Außenstelle eingerichtet, das Büro für die Opfer des Nationalsozialismus. Die Bundesstiftung war aufgrund einer Initiative der Bundesregierung und der deutschen Wirtschaft entstanden.

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