Grundlage für die Entstehung des Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds war die Deutsch-Tschechische Erklärung, und das gleiche Dokument öffnete auch den Weg zur ersten und wichtigsten Aufgabe der neu entstandenen Organisation – von nationalsozialistischer Verfolgung betroffenen Personen zu helfen. Deshalb beschloss der Verwaltungsrat des Deutsch-Tschechischen Zukunftsfonds bereits auf seiner ersten Sitzung das Projekt humanitärer Hilfe für Opfer nationalsozialistischer Gewalt, das sogenannte Sozialprojekt.
Das Projekt wurde direkt von Vertretern der überlebenden Opfer, die sich im Tschechischen Verband der Freiheitskämpfer und der Föderation der jüdischen Gemeinden zusammengeschlossen hatten, ausgearbeitet und vorgelegt. Dadurch war gewährleistet, dass die Art der Entschädigung ihren wirklichen Bedürfnissen entsprechen würde. Sinn und Zweck der humanitären Hilfe war es, den noch lebenden Opfern der härtesten Repressionen – Häftlingen aus Konzentrationslagern, Zuchthäusern und anderen Haftstätten sowie Personen, die sich vor der Verfolgung unter unmenschlichen Verhältnissen verstecken mussten – eine direkte finanzielle Unterstützung zu gewähren. Anspruch auf eine solche Zahlung hatten tschechische StaatsbürgerInnen oder ehemalige Staatsbürgerinnen der Tschechoslowakei jeder Nationalität auch mit Wohnsitz im Ausland, soweit sie bis dahin nicht auf Grundlage entsprechender deutscher Gesetze entschädigt worden waren.
Zu diesem Zweck wurden im Einklang mit der Deutsch-Tschechischen Erklärung 90 Millionen DM zur Verfügung gestellt, d.h. der Großteil der von beiden Regierungen bereitgestellten Gelder. Das Projekt hatte eine Laufzeit von zehn Jahren. Den Anspruchsberechtigten wurde jährlich ein Betrag ausgezahlt, den sie je nach ihrer eigenem Ermessen und Bedarf für die Verbesserung ihrer sozialen und gesundheitlichen Situation verwenden konnten.
Eine erste Zahlung im Rahmen des sogenannten Sozialprojekts erhielten im Jahr 1998 mehr als 7000 Personen, die letzte Zahlung nahmen im Jahr 2007 3500 damals noch lebende NS-Opfer entgegen.